棉花炭疽病发病原因是，炭疽病初侵染源主要为带菌的种子，一般棉籽带菌率30%~80%。种子萌发时病菌开始危害，可通过风、雨、昆虫、灌溉水传播病菌，再侵染无病的棉苗。病菌还可随病残体落人田间使土壤带菌。在铃期通过风雨飞溅侵染棉铃，即为棉铃炭疽病，使棉籽带菌，成为翌年的侵染源。土壤水分过多，空气相对湿度在85%以上，危害就会加剧，空气相对湿度低于70%时则不利于发病。连阴雨的情况下往往会导致温度下降，不利于棉苗生长，易于导致该病害流行。
温度和湿度是影响棉花炭疽病发病的重要原因。若苗期低温多雨、铃期高温多雨，炭疽病就容易流行。整地质量差、播种过早或过深、栽培管理粗放、田间通风透光差或连作多年等，都能加重炭疽病的发生。瘦苗、弱苗抵抗力低，发病概率就会增加。
炭疽病初侵染源主要为带菌的种子，一般棉籽带菌率30%~80%。种子萌发时病菌开始危害，可通过风、雨、昆虫、灌溉水传播病菌，再侵染无病的棉苗。病菌还可随病残体落人田间使土壤带菌。在铃期通过风雨飞溅侵染棉铃，即为棉铃炭疽病，使棉籽带菌，成为翌年的侵染源。土壤水分过多，空气相对湿度在85%以上，危害就会加剧，空气相对湿度低于70%时则不利于发病。连阴雨的情况下往往会导致温度下降，不利于棉苗生长，易于导致该病害流行。
病菌以分生孢子在棉籽短绒上越冬，少数以菌丝体潜伏于棉籽种皮内或子叶夹缝中越冬，种子带菌是重要的初侵染源。然后，病部产生分生孢子借风雨、昆虫及灌溉水传播。棉铃染病病菌侵入棉籽。发病的叶、茎、叶落入土中，造成土壤带菌，引起苗期发病、又可经雨水冲溅侵染棉铃，引起发病。
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